Ich habe zwar keinen Brera, sondern einen 159 mit der gefragten Motorisierung, also gebe ich mal meine Gedanken - ohne Gewähr - ab:
1. Soweit ich weiß, hat der 2,4 nicht das M32 Getriebe, das haben nur die kleineren Motorisierungen. Ich habe mal gelesen, dass das Schaltgetriebe im 2,4 maximal die vorhandenen 400 NM Drehmoment verträgt und man beim Chiptuning etc. vorsichtig sein soll. Ich fahre mit angepasster Software mit etwas mehr Drehmoment und habe disher keine Probleme, weder mit dem Getriebe, noch mit der Kupplung. Der Dicke hat jetzt fast 360.000 km drauf, davon die Hälfte original und ab 180.000 km mit geänderter Software. Kurzes Fazit: Das Schaltgetriebe im 2,4 ist bei mir unproblematisch und hat noch nie rumgezickt.
2. Keine Ahnung, was jetzt das ZMS sein soll. Wenn ich damit schon mal Ärger gehabt hätte, dann wüsste ich es wahrscheinlich...
3. Ich denke, dass 20 km einfach kein größeres Problem im Sinne von zu viel Kurzstrecke ist. Jedenfalls nicht, wenn das AGR lahmgelegt ist und man den Partikelfilter schön freibrennen lässt. Ich habe das bei mir so programmieren lassen, dass ich beim Freibrennen eine "Fehlermeldung" bekomme, dann weiß ich, wann das passiert und fahre im Notfall auch mal noch ein paar km weiter bis das fertig ist. Man kann das aber durchaus mal unterbrechen, aber ich würde jetzt nicht gerade innerorts meine Besorgungen machen und bei jedem Geschäft stehenbleiben, wenn der Freibrennvorgang läuft.
4. AGR raus ist für mich ein "muss". DPF habe ich noch drin, das wäre mir zu aufwändig, außerdem mag ich nicht unbedingt über Gebühr in der gegend rumstinken. Da würde ich an deiner Stelle mal bei André nachfragen. Bei dem "alten" 2,4 kann man die Software noch leicht selber auslesen (mit Kabel und entsprechender Software auf dem Notebook oder so) und aufspielen. Die Datei kann man per email versenden und die überarbeitete Datei dann einfach wieder aufspielen. Das AGR sollte man mit einer Blindplatte verschließen.
5. Rechtzeitig um Rostschutz kümmern. Mein 159 ist technisch noch soweit gut, aber die Schwellerenden werden knusprig und ein paar Teile wie der vordere Motorträger mussten schon mal ersetzt werden. Spätestens der nächste TÜV wird unsere Wege dann wohl trennen, da sie eine Reparatur wirtschaftlich nicht mehr lohnen wird. Leider war ich, was Rostschutz anbelangt "damals" (ich habe den 159 ja schon fast 18 Jahre) noch zu unwissend, um rechtzeitig vorzubeugen.